Saat Perang Holy Grail ke-4 mengamuk tanpa kemenangan yang jelas, para Hamba yang tersisa dan para Guru mereka dipanggil oleh pengawas Gereja Risei Kotomine, untuk bersatu dan menghadapi ancaman yang akan datang yang dapat mengungkap Perang Grail dan mewujudkan penghancuran Kota Fuyuki. Gencatan senjata yang tidak mudah segera runtuh ketika Masters menunjukkan bahwa mereka akan melakukan apa pun dalam kekuasaan mereka, tidak peduli seberapa keji, untuk menang.
Benih-benih keraguan ditaburkan di antara Kiritsugu Emiya dan Saber, Hamba-nya, sebagai ideologi mereka yang bertentangan pada heroisme dan pertentangan ksatria. Sementara itu, bentuk ikatan yang tidak menyenangkan antara Kirei Kotomine, yang masih mencari tujuannya dalam hidup, dan salah satu dari para Pelayan yang tersisa. Ketika penghitungan mundur sampai akhir perang mencapai nol, biaya kemenangan mulai mengaburkan batas antara kemenangan dan kekalahan.